Ciao, se hai sia un HDD che un SSD, e dovrai installare Windows su quest'ultimo, ti consiglio innanzitutto di disconnettere l'HDD.
Successivamente inserisci la USB ed accendi il PC, essendo l'unico dispositivo di avvio dovrebbe essere riconosciuta senza problemi, poi segui semplicemente le istruzioni a schermo; ad installazione completa, spegni il PC e ricollega l'HDD.
Niente di complicato.