Principalmente l'utilizzo e le performance.
Il WD blue è l'HDD per ogni evenienza, 7200RPM 64Mb di cache, ottimo anche in termini di affidabilità.
Il modello in codice Black è il "fratello maggiore", velocità aumentate ( non da aspettarsi chissa cosa ) e performance generali migliori.
Il Green è invece l'HDD a risparmio, velocità simile al Blue ma un po' meno performante per lasciare spazio al risparmio energetico.
Del Red non mi sono mai interessato, aspetto qualcun altro che ne sappia al riguardo.