Il costo è molto variabile, in media per fare una cosa base occorrono 400/450€, ma come ti dicevo può variare molto. Se scegli componenti più economici puoi limare di molto il prezzo, così come puoi arrivare a soglie ben maggiori.
Per darti una stima più precisa dovresti fornire più informazioni (che tipo di radiatore avresti intenzione di montare; se vuoi vaschetta e pompa separate; se vuoi tubi comuni 10/13mm o se vuoi cose più particolari come tubi rigidi o grandi etc etc...).
Come ti ha già detto Blume, non sottovalutare la manutenzione, occorre periodicamente smontare e ripulire tutto l'impianto (se utilizzi additivi pronti all'uso con antialghe puoi ridurre l'intervallo di manutenzione ma comunque non sono eterni).
Detto ciò, mi permetto anch'io di aggiungere che un custom loop è al 99% un PURO SFIZIO SUPERFLUO, a meno che tu non faccia overclock a livelli estremi e competitivi. IMHO non ne vale la pena, ci vogliono tanti soldi, pazienza e cura; se ti interessano solo la prestazioni ci sono un sacco di AIO molto performanti che prendi con 1/3 della spesa. Se invece vuoi farti passare lo sfizio del custom loop fallo pure, ma con consapevolezza.