Una volta esistevano i virus che intaccavano il MBR: distruggevano la tabella delle partizioni e tutto il disco diventava inaccessibile. Era però possibile ricostruire il MBR o utilizzare software di recupero dati, inoltre ormai i meccanismi di protezione mettono il pc a riparo da questi tipi di virus.
Un virus "normale", che intacca alcuni file del sistema operativo, agisce solo su componenti specifici e una volta formattata la partizione il sistema può essere ripristinato completamente: i dati, se immagazzinati su di una partizione separata, sono comunque salvi. Ipotizzando un virus che intacchi alcuni tipi di dati, inoltre, anche utilizzando più unità disco il sistema non sarebbe al riparo. Un ipotetico virus che intacchi, per esempio, tutti i file con estensione ".doc", li andrebbe a scovare anche su più dischi, non solo sulla partizione del primo disco. I virus infatti lavorano a livello "logico", cioè all'interno dei sistemi, dunque sia che i volumi differenti da quello di sistema siano solo partizioni, sia che siano unità disco fisiche differenti, essi agiscono lo stesso, non fanno differenze. Viceversa, i virus che intaccano il sistema operativo non possono intaccare altri tipi di dati, né che risiedano su partizioni, né che siano su altre unità disco.
Un buon motivo per avere più unità disco è avere più prestazioni. Un disco può essere partizionato quanto si vuole, ma i piattelli e le testine sono sempre quelli, dunque quando si cercano o si scrivono dati sulla partizione di sistema e contemporaneamente su altre partizioni le prestazioni ne risentono, in quanto le testine cominciano a "frullare" come impazzite :) durante le operazioni di lettura/scrittura su più partizioni contemporaneamente. Se invece i vari volumi non sono partizioni, bensì hard disk "fisici", è chiaro che le prestazioni in caso di lettura/scrittura simultanea su più volumi sono nettamente superiori, in quanto ogni volume possiede i propri piattelli e le proprie testine. ;) Soprattutto con i sistemi moderni si nota questo: Windows 7 possiede diversi servizi che talvolta entrano in funzione, deframmentazione automatica, indicizzazione, prefetch, ecc., e la testina lavora, lavora... Alcune di queste operazioni sono utili, e se si possiedono più dischi le prestazioni non ne risentono.
