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Con Vista non ricordo, partition magic credo che vada bene, ad ogni modo in entrambi i casi devi vedere se nelle opzioni di scelta del filesystem per la partizione corrente ci sia appunto exFAT (NTFS c'è ovunque).
Non è male invece l'idea di dividere in due l'hard disk, una partizione NTFS e una exFAT da testare, io ho fatto così già da qualche settimana e per il momento non riscontro problemi di sorta.