Diciamo che, montata la nuova scheda madre e fatto un backup dei dati importanti del disco, puoi "provare" a vedere se funziona, installando i driver della scheda compatibile con il tuo sistema operativo.
La compatibilità tra SO e scheda in questi casi è la cosa più importante.
Potrebbe non riuscire affatto, riuscire ma avere dei blocchi o dei rallentamenti, oppure potrebbe riuscire.
Certo hai una cosa a sfavore: il chipset. Passi cioè da un NVidia a un AMD, quindi saranno gestioni diverse.
A me cose del genere sono andate sempre bene ma erano delle prove hardware e non mirate ad ottenere un sistema usabile e stabile.