Si funziona proprio allo stesso modo, e nel caso siano 2 installazioni diverse non puoi impedirlo nel caso ci siano 2 admin (che ci devono essere per forza in questo caso), con una multi utenza invece sì, l'ho già detto, basta configurarlo, ed è anche una delle ragioni per cui una multi utenza è preferibile.
Come ho già detto, si possono creare più utenti, con una sola installazione ed ad ogni utente assegnare risorse specifiche, anche nel caso tutte e due l'utenze fanno parte del gruppo amministratore, basta configurare il sitema in modo adeguato, dando i permessi necessari per la risorsa desiderata.
Esempio pratico
Ho un installazione di windows e posso creare l'utente A Admin che usa il disco A e B ed ha tutti i permessi (scrittura, lettura, esecuzione) ma non ha nessun permesso per il disco C che sarà invece riservato all'utenza B (che può essere anche lei configurata in modo da non utilizzare il disco A e B o qualsiaisi altra cartella o partizione)
Anche con 2 installazioni separate si potrebbe usare lo stesso sitema per tener separati i due account admin, ma il punto è appunto che non sevre assolutamente a nulla avere 2 installazioni di windows della stessa versione, perchè all'atto puramente pratico non cambia nulla