La tua scheda funziona normalmente, non ti preoccupare. Anche sulla mia P55A-UD3R all'avvio si accendono questi led arancione-rosso, mai avuto problemi. ;)
La frase del manuale è tradotta male, ecco la traduzione esatta: "Il numero dei led illuminati indica il carico del processore. Più alto è il carico del processore, più alto è il numero di led illuminati. Per abilitare la funzione di visualizzazione Phase LED occorre prima abilitare la funzione Dynamic Energy Saver 2. Per maggiori dettagli fare riferimento al capitolo 4 del manuale ("Dynamic Energy Saver 2", a pagina 69 del manuale)." "Enable" va tradotto "abilitare", non "disattivare" ;)
In pratica se attivi questa funzione, Dynamic Energy Saver 2, i led si illuminano secondo il carico del processore: un po' come avviene coi led di un equalizzatore quando si ascolta musica con uno stereo. ;) Se non si abilita questa funzione, i led si illuminano un attimo all'avvio e poi si spengono. Secondo me questa funzione è del tutto superflua, io lascerei tutto com'è.