Workstation per bioinformatica

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Asuan

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Salve!
Vorrei chiedere un consiglio in merito a una build per eseguire le mie analisi di dottorato.

Contesto:
Lavoro nel campo dell'inferenza di network di regolazione genica. Nella pratica, lavoro con dataset a medio/alta dimensionalità, applicando modelli con implementazioni CPU-intesive in linguaggi tra cui R, python e shell. Mi capita spesso che l'inferenza di un solo modello richieda sulle 300 GB di RAM per diverse ore.
Il sistema HPC dell'università risulta molto scomodo, e monta piattaforme Xeon che assicurano un'ottima dotazione di ram, ma una rovinosa performance in single core. Oltretutto, il massimo tempo disponibile è di 3 giorni, e in alcuni casi questa è una seria limitazione per i miei esperimenti.

Attualmente, quando possible, sto cercando di sfruttare la mia workstation, che dispone di un Ryzen 7950x e una modesta dotazione di RAM (32 GB), affiancata da 750 GB di memoria swap per evitare rovinosi crash.

Richiesta:
Stavo seriamente prendendo in considerazione di acquistare una worskation ad hoc con una CPU per workstation al fine di semplificarmi il lavoro.
Pensavo di utilizzarla come un cluster a cui accedere anche da remoto. Non necessito di un numero esagerato di cores (16/32), è necessario però che io possa supportare quanta più memoria possibile e che la performance in single core sia accettabile (>4 GHz), poiché alcune funzioni che utilizzo non sono ottimizzate per lavorare in multicore.

Avevo guardato per conto mio, e stavo considerano un Threadripper PRO 5955WX.
Tuttavia non sono ferrato in merito di Mobo e RAM per sever, e quale sia il rapporto costo/beneficio di configurazioni con RAM DDR4 e DRR5.
Non avrei un budget preciso, sarei disposto anche a spendere più di 2k per un sistema sensato ed adatto alle mie esigenze, oltre che ad investire ulteriore denaro per aumentare di più la disponibilità di RAM.

Vi ringrazio in anticipo per il vostro tempo!
 
Avevo guardato per conto mio, e stavo considerano un Threadripper PRO 5955WX
c'è la serie successiva comunque più che al fai da te mi affiderei a soluzioni che funzionano di sicuro e che offrono un degno supporto post vendita, tieni conto che il costo della sola CPU può andare ben oltre i 2000€ e una scheda madre anche 1000 o più
dai un'occhiata qui: https://support.hp.com/it-it/document/ish_9687859-9688256-16 oppure qui https://www.dell.com/it-it/shop/wor...zen-threadripper-pro?appliedRefinements=42554 parlando direttamente col loro supporto tecnico
 
Salve!
Vorrei chiedere un consiglio in merito a una build per eseguire le mie analisi di dottorato.

Contesto:
Lavoro nel campo dell'inferenza di network di regolazione genica. Nella pratica, lavoro con dataset a medio/alta dimensionalità, applicando modelli con implementazioni CPU-intesive in linguaggi tra cui R, python e shell. Mi capita spesso che l'inferenza di un solo modello richieda sulle 300 GB di RAM per diverse ore.
Il sistema HPC dell'università risulta molto scomodo, e monta piattaforme Xeon che assicurano un'ottima dotazione di ram, ma una rovinosa performance in single core. Oltretutto, il massimo tempo disponibile è di 3 giorni, e in alcuni casi questa è una seria limitazione per i miei esperimenti.

Attualmente, quando possible, sto cercando di sfruttare la mia workstation, che dispone di un Ryzen 7950x e una modesta dotazione di RAM (32 GB), affiancata da 750 GB di memoria swap per evitare rovinosi crash.

Richiesta:
Stavo seriamente prendendo in considerazione di acquistare una worskation ad hoc con una CPU per workstation al fine di semplificarmi il lavoro.
Pensavo di utilizzarla come un cluster a cui accedere anche da remoto. Non necessito di un numero esagerato di cores (16/32), è necessario però che io possa supportare quanta più memoria possibile e che la performance in single core sia accettabile (>4 GHz), poiché alcune funzioni che utilizzo non sono ottimizzate per lavorare in multicore.

Avevo guardato per conto mio, e stavo considerano un Threadripper PRO 5955WX.
Tuttavia non sono ferrato in merito di Mobo e RAM per sever, e quale sia il rapporto costo/beneficio di configurazioni con RAM DDR4 e DRR5.
Non avrei un budget preciso, sarei disposto anche a spendere più di 2k per un sistema sensato ed adatto alle mie esigenze, oltre che ad investire ulteriore denaro per aumentare di più la disponibilità di RAM.

Vi ringrazio in anticipo per il vostro tempo!
Ciao. Se ne vanno più di 1000 euro solo per la CPU. Tra tutto se ne andrano sui 4-5000 euro e più. Ti senti pronto?
I software che utilizzi girano su architettura server suppongo. Una cosa così economica?
Manca il cabinet e alimentatore ridondante ma siamo al faidate. Potenza ce n'è
Configurazione con Dual Xeon 2696 V3 con dissipatore 512GB di RAM ECC in Octachannel e scheda madre standard E-ATX vengono 740 euro. 36 core 72 thread
 
Ultima modifica:
Vi ringrazio per le risposte.
Suppongo che il fai da te sia scongiliato visto l'ingente investimento, dico bene?

Dite che investire su una configurazione meno recente sia un cattivo investimento pittosto che essere una via di mezzo?
E volendo, nell'usato?

Ribadisco la mia totale ignoranza in questo ambito, le mie domande non sono per contraddire i vostri consigli.
Grazie mille!
 
volendo, sempre su ebay, ci sono degli epyc usati
se cerchi sul tubo ci sono parecchi youtuber che tirano su un server prendendo quei processori (ancora ottimi) da ebay, la mobo direttamente da aliexpress perchè in formato ATX che supporta i normali standard e il resto la classica build da pc gaming
 
Vi ringrazio per le risposte.
Suppongo che il fai da te sia scongiliato visto l'ingente investimento, dico bene?

Dite che investire su una configurazione meno recente sia un cattivo investimento pittosto che essere una via di mezzo?
E volendo, nell'usato?

Ribadisco la mia totale ignoranza in questo ambito, le mie domande non sono per contraddire i vostri consigli.
Grazie mille!
Sul nuovo non è il caso di fare dei tentativi. Valuta la proposta di usato che ti ho inserito su che richiede un investimento limitato
 
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