Salve!
Vorrei chiedere un consiglio in merito a una build per eseguire le mie analisi di dottorato.
Contesto:
Lavoro nel campo dell'inferenza di network di regolazione genica. Nella pratica, lavoro con dataset a medio/alta dimensionalità, applicando modelli con implementazioni CPU-intesive in linguaggi tra cui R, python e shell. Mi capita spesso che l'inferenza di un solo modello richieda sulle 300 GB di RAM per diverse ore.
Il sistema HPC dell'università risulta molto scomodo, e monta piattaforme Xeon che assicurano un'ottima dotazione di ram, ma una rovinosa performance in single core. Oltretutto, il massimo tempo disponibile è di 3 giorni, e in alcuni casi questa è una seria limitazione per i miei esperimenti.
Attualmente, quando possible, sto cercando di sfruttare la mia workstation, che dispone di un Ryzen 7950x e una modesta dotazione di RAM (32 GB), affiancata da 750 GB di memoria swap per evitare rovinosi crash.
Richiesta:
Stavo seriamente prendendo in considerazione di acquistare una worskation ad hoc con una CPU per workstation al fine di semplificarmi il lavoro.
Pensavo di utilizzarla come un cluster a cui accedere anche da remoto. Non necessito di un numero esagerato di cores (16/32), è necessario però che io possa supportare quanta più memoria possibile e che la performance in single core sia accettabile (>4 GHz), poiché alcune funzioni che utilizzo non sono ottimizzate per lavorare in multicore.
Avevo guardato per conto mio, e stavo considerano un Threadripper PRO 5955WX.
Tuttavia non sono ferrato in merito di Mobo e RAM per sever, e quale sia il rapporto costo/beneficio di configurazioni con RAM DDR4 e DRR5.
Non avrei un budget preciso, sarei disposto anche a spendere più di 2k per un sistema sensato ed adatto alle mie esigenze, oltre che ad investire ulteriore denaro per aumentare di più la disponibilità di RAM.
Vi ringrazio in anticipo per il vostro tempo!
Vorrei chiedere un consiglio in merito a una build per eseguire le mie analisi di dottorato.
Contesto:
Lavoro nel campo dell'inferenza di network di regolazione genica. Nella pratica, lavoro con dataset a medio/alta dimensionalità, applicando modelli con implementazioni CPU-intesive in linguaggi tra cui R, python e shell. Mi capita spesso che l'inferenza di un solo modello richieda sulle 300 GB di RAM per diverse ore.
Il sistema HPC dell'università risulta molto scomodo, e monta piattaforme Xeon che assicurano un'ottima dotazione di ram, ma una rovinosa performance in single core. Oltretutto, il massimo tempo disponibile è di 3 giorni, e in alcuni casi questa è una seria limitazione per i miei esperimenti.
Attualmente, quando possible, sto cercando di sfruttare la mia workstation, che dispone di un Ryzen 7950x e una modesta dotazione di RAM (32 GB), affiancata da 750 GB di memoria swap per evitare rovinosi crash.
Richiesta:
Stavo seriamente prendendo in considerazione di acquistare una worskation ad hoc con una CPU per workstation al fine di semplificarmi il lavoro.
Pensavo di utilizzarla come un cluster a cui accedere anche da remoto. Non necessito di un numero esagerato di cores (16/32), è necessario però che io possa supportare quanta più memoria possibile e che la performance in single core sia accettabile (>4 GHz), poiché alcune funzioni che utilizzo non sono ottimizzate per lavorare in multicore.
Avevo guardato per conto mio, e stavo considerano un Threadripper PRO 5955WX.
Tuttavia non sono ferrato in merito di Mobo e RAM per sever, e quale sia il rapporto costo/beneficio di configurazioni con RAM DDR4 e DRR5.
Non avrei un budget preciso, sarei disposto anche a spendere più di 2k per un sistema sensato ed adatto alle mie esigenze, oltre che ad investire ulteriore denaro per aumentare di più la disponibilità di RAM.
Vi ringrazio in anticipo per il vostro tempo!
