Se il disco ti serve solo come intermediario tra il tuo pc e il server puoi formattarlo in qualsiasi formato, anche NTFS o FAT32 (se non hai file più grandi di 4GB), qualsiasi distribuzione Linux legge praticamente tutti i filesystem più comuni.
Se invece tale disco poi lo monterai all'interno del server o comunque ti servirà stabilmente li, il metodo più veloce secondo me è avviare una qualsiasi distro live e fare tutto da li, sia creare la partizione che spostare i file.
Se il server è nella tua rete locale potresti pensare ad usare qualcosa come Filezilla o Samba per spostare tutto.
Se per qualche motivo hai la necessità di fare tutto da Windows, dai un'occhiata qua:
MiniTool Partition Manager Software for Windows PC and Server
3 Ways to Access Your Linux Partitions From Windows