Il discorso è più complesso, come e_ale92 aveva gia accennato. Guardando i numeri puri sembrerebbe che un dispositivo che usa USB3.0 sia + veloce rispetto a un HDD interno, ma ci sono tanti altri fattori in gioco..
Primo una chiavetta non va assolutamente bene perche supporta un numero molto ridotto di operazioni I/O e questo è un parametro critico visto che ci sara sempre qualcosa che scrive costantemente sul disco...
Poi la banda del USB viene condivisa tra tutti i dispositivi connessi al tuo PC... per non dire che attualmente sul mercato esistono veramente pochi controller in grado di supportare la velocita massima dello standard 3.0.
Se vuoi prestazioni buone per il sistema operativo scegli un bel SSD SATA3 di ultima generazione, come per esempio il Crucial M4!
Ciao