Software "chimico" su linux

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volevo sapere se avete qualche consiglio da darmi per software linux che permettano di disegnare formule chimiche, magari con la possibilità di creare modelli 3D e fare qualche piccolo calcolo (tipo massa molecolare, lughezze e angoli di legame).
se poi ci sono anche funzioni più avanzate tipo predizione spettri NMR o IR la cosa ovviamente è gradita....

ho provato chemtools e easychem, ma non mi hanno soddisfatto in pieno....
 
ho già guardato quella lista, quelli che mi sembravano +interessanti sono ancora in fase di sviluppo e non sono proprio stabilissimi.....
speravo che sul forum ci fosse qualcuno che potesse consigliarmi in base alla propria esperienza personale.
 
aggiornamento:

ho provato xdrawchem, sia su suse 10 che su ubuntu 5.10:
si pianta che è una meraviglia (su ubuntu meno)

ho provato ghemical (solo su ubuntu): si pianta ancora di più.

perchè sono così instabili?????
possibile che nessun chimico usi linux????
 
Li hai compilati o installato i pacchetti già pronti?
Da quel poco che ho letto in giro ghemical funziona bene, quindi sicuramente manca qualcosa.
 
ho usato i pacchetti. tendo a evitare di compilare, non sono ancora troppo pratico di linux.
anche se credo dovrò imparare, perchè molta della roba che mi serve esiste solo in sorgente....
a proposito di compilare, qualcuno usa checkinstall???
 
Io uso checkinstall, è molto comodo.
La parte noiosa della compilazione è il "configure", dopo gli altri comandi servono a compilare e fanno tutto da soli.
Se ci vuoi provare ti posso dare una mano ;)
 
se mi potessi aiutare sarebbe molto carino....
ho provato con ghemical su suse 10.0.
ho spacchettato il tar.gz in una subdirectory della home e ho dato il comando ./configure, ecco l'output:

Codice:
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ANSI C... none needed
checking for style of include used by make... GNU
checking dependency style of gcc... gcc3
checking for g++... g++
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
checking dependency style of g++... gcc3
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking for a sed that does not truncate output... /usr/bin/sed
checking for egrep... grep -E
checking for ld used by gcc... /usr/i586-suse-linux/bin/ld
checking if the linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) is GNU ld... yes
checking for /usr/i586-suse-linux/bin/ld option to reload object files... -r
checking for BSD-compatible nm... /usr/bin/nm -B
checking whether ln -s works... yes
checking how to recognise dependent libraries... pass_all
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking dlfcn.h usability... yes
checking dlfcn.h presence... yes
checking for dlfcn.h... yes
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking for g77... no
checking for f77... no
checking for xlf... no
checking for frt... no
checking for pgf77... no
checking for fort77... no
checking for fl32... no
checking for af77... no
checking for f90... no
checking for xlf90... no
checking for pgf90... no
checking for epcf90... no
checking for f95... no
checking for fort... no
checking for xlf95... no
checking for ifc... no
checking for efc... no
checking for pgf95... no
checking for lf95... no
checking for gfortran... no
checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... no
checking whether  accepts -g... no
checking the maximum length of command line arguments... 32768
checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc object... ok
checking for objdir... .libs
checking for ar... ar
checking for ranlib... ranlib
checking for strip... strip
checking for correct ltmain.sh version... yes
checking if gcc supports -fno-rtti -fno-exceptions... no
checking for gcc option to produce PIC... -fPIC
checking if gcc PIC flag -fPIC works... yes
checking if gcc static flag -static works... yes
checking if gcc supports -c -o file.o... yes
checking whether the gcc linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) supports shared libraries... yes
checking whether -lc should be explicitly linked in... no
checking dynamic linker characteristics... cat: /etc/ld.so.conf.d/*.conf: No such file or directory
GNU/Linux ld.so
checking how to hardcode library paths into programs... immediate
checking whether stripping libraries is possible... yes
checking if libtool supports shared libraries... yes
checking whether to build shared libraries... yes
checking whether to build static libraries... yes
configure: creating libtool
appending configuration tag "CXX" to libtool
checking for ld used by g++... /usr/i586-suse-linux/bin/ld
checking if the linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) is GNU ld... yes
checking whether the g++ linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) supports shared libraries... yes
checking for g++ option to produce PIC... -fPIC
checking if g++ PIC flag -fPIC works... yes
checking if g++ static flag -static works... yes
checking if g++ supports -c -o file.o... yes
checking whether the g++ linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) supports shared libraries... yes
checking dynamic linker characteristics... cat: /etc/ld.so.conf.d/*.conf: No such file or directory
GNU/Linux ld.so
checking how to hardcode library paths into programs... immediate
appending configuration tag "F77" to libtool
checking for ar... /usr/bin/ar
checking for sh... /bin/sh
checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes
checking whether build environment is sane... yes
checking for acos in -lm... yes
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes
checking for GTK... configure: error: Package requirements (gtk+-2.0 >= 2.6.0) were not met:

Package gtk+-2.0 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `gtk+-2.0.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'gtk+-2.0' found

Consider adjusting the PKG_CONFIG_PATH environment variable if you
installed software in a non-standard prefix.

Alternatively, you may set the environment variables GTK_CFLAGS
and GTK_LIBS to avoid the need to call pkg-config.
See the pkg-config man page for more details.

io dovrei avere gtk 2.8 e qualcosa secondo yast, perchè non le trova???
 
Allora, è un pò più complicato del previsto. La configurazione si interrompe perché non trova le librerie gtk+-2.0 e quindi le cose sono due. O non sono installate, o sono installate e non le trova.
Con rpm pbone ho trovato che il file "gtk+-2.0.pc" che ti viene richiesto si trova all'interno di questo pacchetto ftp://mirror.switch.ch/mirror/opens...-source/suse/i586/gtk2-devel-2.8.3-4.i586.rpm
Quindi installalo e riprova con configure. Può darsi che continui o che ti richieda altre dipendenze, oppure potrebbe darti lo stesso errore perché devi specificare il percorso delle librerie gtk. Per il momento direi di provare così, nel caso non va posta l'errore. Ciao ;)
 
ho installato anche il pacchetto gtk-devel come mi hai suggerito, ecco l'output di configure:

Codice:
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking build system type... i686-pc-linux-gnu
checking host system type... i686-pc-linux-gnu
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ANSI C... none needed
checking for style of include used by make... GNU
checking dependency style of gcc... gcc3
checking for g++... g++
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
checking dependency style of g++... gcc3
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking for a sed that does not truncate output... /usr/bin/sed
checking for egrep... grep -E
checking for ld used by gcc... /usr/i586-suse-linux/bin/ld
checking if the linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) is GNU ld... yes
checking for /usr/i586-suse-linux/bin/ld option to reload object files... -r
checking for BSD-compatible nm... /usr/bin/nm -B
checking whether ln -s works... yes
checking how to recognise dependent libraries... pass_all
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking dlfcn.h usability... yes
checking dlfcn.h presence... yes
checking for dlfcn.h... yes
checking how to run the C++ preprocessor... g++ -E
checking for g77... no
checking for f77... no
checking for xlf... no
checking for frt... no
checking for pgf77... no
checking for fort77... no
checking for fl32... no
checking for af77... no
checking for f90... no
checking for xlf90... no
checking for pgf90... no
checking for epcf90... no
checking for f95... no
checking for fort... no
checking for xlf95... no
checking for ifc... no
checking for efc... no
checking for pgf95... no
checking for lf95... no
checking for gfortran... no
checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... no
checking whether  accepts -g... no
checking the maximum length of command line arguments... 32768
checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc object... ok
checking for objdir... .libs
checking for ar... ar
checking for ranlib... ranlib
checking for strip... strip
checking for correct ltmain.sh version... yes
checking if gcc supports -fno-rtti -fno-exceptions... no
checking for gcc option to produce PIC... -fPIC
checking if gcc PIC flag -fPIC works... yes
checking if gcc static flag -static works... yes
checking if gcc supports -c -o file.o... yes
checking whether the gcc linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) supports shared libraries... yes
checking whether -lc should be explicitly linked in... no
checking dynamic linker characteristics... cat: /etc/ld.so.conf.d/*.conf: No such file or directory
GNU/Linux ld.so
checking how to hardcode library paths into programs... immediate
checking whether stripping libraries is possible... yes
checking if libtool supports shared libraries... yes
checking whether to build shared libraries... yes
checking whether to build static libraries... yes
configure: creating libtool
appending configuration tag "CXX" to libtool
checking for ld used by g++... /usr/i586-suse-linux/bin/ld
checking if the linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) is GNU ld... yes
checking whether the g++ linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) supports shared libraries... yes
checking for g++ option to produce PIC... -fPIC
checking if g++ PIC flag -fPIC works... yes
checking if g++ static flag -static works... yes
checking if g++ supports -c -o file.o... yes
checking whether the g++ linker (/usr/i586-suse-linux/bin/ld) supports shared libraries... yes
checking dynamic linker characteristics... cat: /etc/ld.so.conf.d/*.conf: No such file or directory
GNU/Linux ld.so
checking how to hardcode library paths into programs... immediate
appending configuration tag "F77" to libtool
checking for ar... /usr/bin/ar
checking for sh... /bin/sh
checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes
checking whether build environment is sane... yes
checking for acos in -lm... yes
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes
checking for GTK... yes
checking for GTKGLEXT... configure: error: Package requirements (gtkglext-1.0 >= 1.0.5) were not met:

Package gtkglext-1.0 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `gtkglext-1.0.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'gtkglext-1.0' found

Consider adjusting the PKG_CONFIG_PATH environment variable if you
installed software in a non-standard prefix.

Alternatively, you may set the environment variables GTKGLEXT_CFLAGS
and GTKGLEXT_LIBS to avoid the need to call pkg-config.
See the pkg-config man page for more details.
 
ok, quel passaggio l'ho passato installando gtkglext con yast (sto facendo la prova su suse 10.0), opi mi ha chiesto libghemical, ho scaricato il tar.gz e ho provato a compilarlo.
nessun problema con ./configure e make, ma arrivati al momento di dare checkinstall:
Codice:
doktor_p@dokbox:~/pacchi/libghemical-2.00> su
Password:
dokbox:/home/doktor_p/pacchi/libghemical-2.00 # checkinstall
bash: checkinstall: command not found

eppure secondo yast la versione 1.6 di checkinstall è presente (installata da rpm)
perchè non lo trova???

edit:
ho provato anche su ubuntu, lì checkinstall funziona, quindi installo le libghemical.
però quando installo ghemical durante il make ad un certo punto dice:
Codice:
project.cpp:49:21: error: GL/glut.h: No such file or directory
project.cpp: In member function ‘void project::Render(graphics_view*, project::rmode)’:
project.cpp:2541: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
project.cpp:2557: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
project.cpp:2573: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
project.cpp:2589: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
project.cpp:2605: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
project.cpp:2636: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
project.cpp:2653: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
project.cpp:2691: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
project.cpp:2731: error: ‘GLUT_BITMAP_9_BY_15’ was not declared in this scope
make[2]: *** [project.o] Error 1
make[2]: Leaving directory `/home/doktor/pacchi/ghemical-2.01/src'
make[1]: *** [all] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/doktor/pacchi/ghemical-2.01/src'
make: *** [all-recursive] Error 1
oltre ad un paio di warnings riguardo alla versione.
inizio ad impazzire......
 
su ubuntu il configure no mi ha dato nessun messaggio di errore, ha finito tutto l'elenco senza nulla di allarmante.
su suse magari proverò l'RPM, ma in ogni caso mi piacerebbe capire perchè checkinstall non va....
volevo evitare di trovarmi con roba non disinstallabile.
 
basta che conservi i sorgenti e dai make uninstall ;)
Io checkinstall l'ho abbandonato da un pezzo, perchè sempre più spesso non fa il suo dovere (no, neanche con i "trucchetti").
Se sono su una distro come la slack mi creo il pacchetto a mano (tanto faccio subito), mentre se sono su suse e compagnia bella installo da sorgenti.
 
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