Entrambi riescono a fare le stesse cose, quella che cambia è un pò la filosofia che sta dietro e muove lo sviluppo: centos è compilata a partire dai sorgenti di rhel (red hat enterprise linux) e predilige la stabilità all'innovazione. Quindi non troverai mai l'ultimo kernel disponibile, ma una versione "preistorica" su cui però puoi mettere la mano sul fuoco. Per la versione test/sviluppo si usa sempre fedora che anticipa l'introduzione di alcune migliorie/innovazioni che poi verranno adottate da rhel prima e centos poi.
Dall'altra parte debian è sul mercato da tantissimo e ha un sistema di gestione dei pacchetti che da solo varrebbe la scelta. In termini di leggerezza siamo li. Personalmente mi trovo meglio con centos solamente per un fatto di familiarità con gli rpm e con i suoi file di configurazione.
Nella scelta di distro server inserisci anche opensuse (che uso per lavoro) e senza interfaccia grafica yast aiuta non poco. Quello che però non mi piace è l'alta personalizzazione della distro, nel senso che non ha files di configurazione standard e percorsi dei file "classici", mentre centos ti butta li la configurazione che potresti trovare su un manuale dell'applicativo e poi te lo modifichi tu, a tuo piacimento. Debian lo stesso tende a personalizzarli.
Prova tutti e 3 su 3 macchine virtuali, poi decidi. D'altronde devi lavorarci tu e se non ti senti "a casa" lavori male.