Il Pci-E è più recente, veloce e con maggiore ampiezza di banda rispetto all' AGP.
Visto che devi cambiare Mobo, rivolgiti senza problemi ad una dotata di Pci-E come quella (IMHO ottima) indicata, anche perchè il Pci-Ex è il futuro, mentre l'AGP stà giungendo al tramonto.
A parte rari esempi, come l'ASRock indicata, le Mobo utilizzano O l'una O l'altra tecnologia.
Per la compatibilità, sia AMD che Intel possono utilizzare AGP e\o Pci-Express, e sia NVidia che ATI (e tutte le altre case minori) utilizzano PCI-Ex e\o AGP.
Insomma, PCI-EX perchè è il presente ed il futuro, e non ti causa nessuna incompatibilità.
Per le incompatibilità tra Mobo e VGA, a meno di non voler montare una scheda AGP su uno slot PCi-Ex o viceversa, cosa impossibile anche volendo, essendo fisicamente differenti, non mi sembra ve ne siano di note.
Visto che devi cambiare PC, forse è bene tu sappia che puoi montare due schede video e farle funzionare come una, aumentandone le prestazioni; in questo caso ci sono specifiche caratteristiche da prendere in considerazione, in quanto NVidia utilizza una tecnologia (SLI), mentre ATI ne utilizza una differente (Crossfire), se compri una Mobo dotata di SLI non potrai montare due ATI, e se compri una Mobo Crossfire (attualmente inesistenti, di fatto, nel mercato) non potrai montare due NVidia, forse ti riferivi a questo. In ogni caso, anche con una Mobo SLI, ad esempio, se decidi di montare una singola scheda, puoi montare quella che vuoi, sia ATI che NVidia, il problema nasce solo nel caso in cui vorrai montare due schede grafiche insieme, ma penso che passerà del tempo prima di ciò.
Spero di non averti confuso le idee ;)
