A quanto vedo ha problemi con la partizione di sistema, non mi è mai capitato e mi sembra strano che dopo una scansione antivirus si possa creare un problema del genere ma non mi stupirei più di tanto.
Non so se è il modo corretto di agire ma ti consiglierei di fare così:
per non formattare nulla potresti inserire al posto del tuo disco attuale un'altro con Windows già installato o uno che puoi formattare senza problemi per installarci sopra Windows, poi ricolleghi il tuo hard disk attuale con degli altri cavi (o con un case esterno se ne sei in possesso) e salvarti i dati per poi poterlo formattare e reinstallarci sopra Windows.
Magari qualcun altro ne sa di più riguardo a questo problema e conosce dei metodi più semplici e veloci. Altrimenti come ti ho spiegato io non dovresti avere problemi (a patto di avere un hard disk utilizzabile a portata di mano, ovviamente non va bene uno esterno a meno che non si possa smontare e dentro ci sia un disco con gli attacchi SATA normali, solitamente ci saldano sopra delle schede proprietarie ed è impossibile usarli come HDD interni)
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