No,non lo farebbe.Questo e' l'unico punto a favore di avere due sistemi operativi diversi invece di due account.Ma effettivamente sarebbe sufficente fare due account protetti da password,in questo modo lei non vede i tuoi e viceversa.Ho solo pensato che avevi i tuoi motivi per volerne due invece di fare due account.Per quello che serve a te basterebbero i due account.
L'altro HDD puoi anche tenerlo cosi',una partizione unica per l'intera dimensione del disco.E lo suddividi in cartelle.
P.S. L'altro Hard Disk a meno di non settare i permessi sarebbe comunque visibile a entrambi,quindi dovrai fare in modo di creare una cartella in cui solo tu potrai accedere e lo stesso vale per l'installazione di tua sorella e suddividere la quota di spazio riservata per ognuna.