Sì, hai sbagliato a rimuovere il filtro in basso
Il tuo ragionamento sulla polvere è corretto in assenza di ventole che forzano l'aerazione del case, ma:
1) in basso l'alimentatore ha una ventola che aspira verso l'interno e senza filtro "attira" tutta la polvere che si deposita intorno al case al suo interno
2) l'aerazione normale dei case è dal fronte verso il retro e dal basso verso l'alto (contribuiscono a questo flusso le ventole del case, della gpu e del dissipatore)
Quindi dei due è semmai quello sul top che si può non mettere (ma spesso compromette l'estetica del case), cosa che tra l'altro migliorerebbe l'espulsione sia di aria che di eventuale polvere
Io quando pulisco il pc trovo sempre polveroso il filtro frontale (quello più sporco) ed il posteriore in zona alimentatore, quello sul top ne ha sempre pochissima in corrispondenza delle ventole (ci tirano quella poca che è comunque entrata nel case)