Puoi installare qualsiasi programma su qualsiasi supporto, tranne Windows (non supporta per motivi di licenza l'installazione su supporti rimovibili) io talvolta per risparmiare spazio installo i programmi sulle risorse condivise del mio server... Certo, non aspettarti la velocità di un HDD interno.
Alcuni programmi (nel caso tu voglia installare roba sul disco esterno e utilizzarlo, ad esempio, a casa di un amico) potrebbero non funzionare su PC diversi causa l'inserimento di alcune voci di registro presenti solo al momento dell'installazione, e quindi solo sul registro di sistema del tuo PC.