Ognuno partiziona i dischi come meglio crede non è questo il punto.
Nello scegliere cosa mettere su SSD e cosa su HDD esistono solo delle linee guida, non necessariamente quello che io metterei nella partizione più veloce sarebbe giusto anche per te.
Detto questo, devi porti la seguente domanda: il programma trae beneficio da letture e scritture più veloci?
Quindi, devi capire con che programma hai a che fare.
Esempio: i giochi. La maggior parte dei giochi effettua i caricamenti nelle pause, ovvero quando non stai giocando, quindi carica tutto in memoria e parte. Diverso il ragionamento per giochi open world tipo GTA e Crysis 1: questi leggeranno continuamente dal disco. In entrambi i casi le scritture saranno ridotte al minimo. Dunque, considerando che occupare una dozzina e passa di giga per non aspettare qualche secondo in più non vale la candela, i giochi possono essere perlopiù installati su HDD.
Esempio 2: i browsers. Prendo questa categoria per definire un gruppo più vasto di programmi. I browsers in realtà sono programmi leggeri, che tuttavia raggiungono alti livelli di letture e scritture, nonché di utilizzo di RAM e CPU, per il continuo utilizzo di files "esterni", leggasi cache, download di pagine, precaricamento dei link...
In questo caso, può essere utile fare quello che si fa con i RAMDisk, ovvero installare il browser su HDD per poi spostare tutti i file da questo utilizzati su SSD.
Pro: il browser è leggermente più veloce. Contro: scritture frequenti riducono la vita dei dischi a stato solido.
Esempio 3: programmi di grafica, editing video et similia. Questi sono forse i programmi che traggono maggior beneficio dall'essere installati su SSD. Photoshop si apre quasi istantaneamente, ti permette di lavorare facilmente con più file, è agile: tutto questo impostando i suoi file temporanei su SSD. Autocad uguale. Premiere. Un ragionamento che si applica a tutti i programmi di una certa pesantezza e con un alto numero di "in" e "out".
Ora, giusto per darti un'idea, ti dico com'è la mia situazione, partendo dal presupposto che non ho comprato un SSD per avere prato fiorito più veloce.
Nel SSD tengo il sistema operativo, pulito di tutte le scritture possibile. I file temporanei li ho messi su HDD, preferendo eventualmente impostare nei vari programmi una destinazione diversa. Programmi come Photoshop e Autocad sono su SSD. Quei due-tre giochi che installo sono su SSD.
Nel HDD ho invece tutti i dati, ovvero qualunque cosa non tragga beneficio dall'essere letta più velocemente.
Al di là di considerazioni meccaniche ed elettroniche, tenere separati i dati dai programmi e dal SO è sempre una buona cosa. Per lo stesso motivo dico che l'antivirus è bene installarlo nella partizione di sistema, in quanto, sebbene si noti appena, questa è trattata diversamente dalle altre quanto a permessi e protezione dei dati.
Spero di esserti stato utile.