con il terminale puoi fare tutto, non solo installare e disinstallare programmi. Col terminale puoi fare esattamente le stesse cose che fai da interfaccia, solo che devi farle senza interfaccia.
Puoi usare i programmi che normalmente si usano da terminale, come apt o gdebi o dpkg (sono i gestori dei pacchetti per la famiglia debian), ma anche moltissimi altri preinstallati o installabili, + molti altri comandi built in in ogni sistema unix (quindi validi sia su linux che su osx che su tutti gli OS tranne windows e pochi altri).
In genere usare i comandi fondamentali della shell è sempre buono e giusto per ogni geek/smanettone, ma se vuoi poter creare anche degli script, allora ti conviene andare + a fondo e conoscere proprio i comandi unix fondamentali e come interfacciarli tra loro (ad esempio grep, sed, awk, i vari cicli, ecc....)
