Ciao! Che caratteristiche hanno i due dischi, magari uno è più veloce appositamente per il sistema operativo.
Comunque non vedo assolutamente alcuna ragione perchè tu debba fare una domanda del genere, anche io ho due dischi, un SSD da 250GB per il sistema e poco altro ( disco C ) e uno da 2TB per il resto, ma ogni volta che installo un programma o scarico un file non lo salvo mica sull'SSD, so che ha uno spazio limitato e installo tutto nel disco da 2TB (ad ogni installazione ti chiede dove lo vuoi installare, se non premi solo avanti lo vedi ), ho già installato più di 200GB di programmi e l'SSD è ancora pulitissimoe ho circa 180GB di spazio libero.
Quindi, anziché fare grandi macchinazioni, disinstalla la maggiorparte dei programmi e re-installali nell'altro disco, sposta la cartella dei documenti e delle immagini se pesano molto, e anche i download, se usi un browser decentemente aggiornato puoi impostare la cartella di download, per evitare che vengano scaricati su C.
Spero di esserti stato utile :) Facci sapere!