Windows per avviarsi ha "bisogno" di 2 cose : una partizione con dentro i file di avvio (più o meno 300 mega) e una partizione con dentro le cartelle "windows/utenti/programmi" (esistono procedure di installazione che permettono di far si che le 2 partizioni coincidano, anche se non ci sono particolari benefici nella cosa).
Durante l'installazione di windows la partizione di avvio (quella da 300 mega) viene creata nel disco riconosciuto da windows come disco di avvio (e se non tocchi il bios quando installi nuove unità disco sarà il disco in cui si trovava il Sistema Operativo funzionante), quindi se hai SSD + HD magnetico e non hai apportato modifiche al bios, windows installerà la partizione di avvio sul disco magnetico e il resto di windows sul disco che indichi tu (l'SSD).
Come accennato sopra da @
Anatra di Gomma ti tocca rifare tutto con solo l'SSD collegato.
Per risolvere la cosa bisogna ti consiglio :
1 - scollega fisicamente il disco magnetico
2 - collega il disco SSD alla porta SATA col nr inferiore (non necessario, ma te lo consiglio ugualmente)
3 - installa windows da 0
4 - colleghi il disco magnetico (magari alla porta sata col nr successivo a quella dell'SSD)
5 - collegare eventuali unità ottiche partendo dalle porte sata coi nr maggiori (es se hai solo un masterizzatore DVD e la tua scheda madre ha 6 porte sata, io lo collegherei alla porta SATA 6, se hai masterizzatore DVD + lettore BluRay allora li metterei nelle porte SATA 5 e SATA 6)
Immagino sia sottinteso, ma ovviamente collegare e scollegare tutto a pc spento...
Ciaoz ^__^