Mhh non ho capito bene il problema, cioè si se ci inserisci anche la porta lo rendi differente dal primo e quindi non intercambiabile, ma l'applicazione come funziona? Perchè normalmente l'applicativo usa una porta definita manualmente nel programma non la accetta dal dns(i browser lo fanno ad esempio ma perchè sono impostati in questo modo, un comune applicativo non è detto supporti questa funzione) normalmente le applicazioni se non specificato usano una certa porta fissata a priori col server e richiede un ip che può essere richiesto anche tramite risoluzione di un link con dns, quello che farebbe però sarebbe considerarti la stringa ip rilasciata(con porta) come un indirizzo(non indirizzo+porta) nella traduzione in forma numerica, questo perchè lui la porta la sa giá e non si aspetta di riceverla dal dns, l'indirizzo risultante dalla traduzione non sarebbe più il tuo e non funzionerebbe nulla. Questo dipende da come è atata sviluppata l'applicazione.
In generale però non vedo problema che una persona utilizzi due link per due applicazioni diverse, in informatica specie dove paghi è bene spremere a fondo quello che si ha, questo è un modo di lavorare eh non è una mia opinione personale, con un solo dns risparmi tempo ndl tenerlo aggiornato e denaro ottenendo un servizio più convergente.