FreeMake video converter sarà anche un programmino gratuito, ma ha il merito di essere semplice e di avere quelle poche ma utilissime funzioni quali il merging dei video (unione di più file video in un unico, con possibilità di mettere un effetto transizione (solo di un tipo)), un ampia possibilità di scelta di formati (mp4/wmv/mpeg/wmv/mkv/etc), un tool integrato che mi permette di tagliare delle parti di video prima di convertirlo, e mi fornisce anche una stima delle dimensioni del file video PRIMA ancora di convertirlo. Poche funzioni ma molto semplici da usare, peccato per qualità della codifica (le opzioni che mi permette di impostare riguardo al video sono solo i bit rate,gli fps e la risoluzione video).
Se ti serve unire più video e fare piccoli tagli puoi provare Avidemux, che ti permette di modificare il CRF dalle opzioni di x264; purtroppo niente transizione (che io sappia).
Non fa la stima dello spazio occupato, ma se usi bitrate costante non è una cosa sensazionale, è matematica. Se ad un video (di qualsiasi dimensione) metti bitrate costante occuperà sempre tot al secondo, moltiplichi il bitrate per la durata... ed è fatta.
Ah mi sono dimenticato anche l'opzione "spegni il computer al termine della conversione" che per quanto banale possa sembrare è ottima per chi lascia il computer accesso la sera a convertire video (per la cronaca: non ho visto questa opzione da nessuna parte nel tanto blasonato Sony Vegas Pro 13).
Questo credo ci sia in HandBrake, forse anche in Avidemux. Sony Vegas Pro è usato da professionisti per il montaggio... non so quanto siano interessati ad una funzione del genere.