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Da Fat32 a ntfs si può fare senza perdita di dati, è da exfat che devi formattare. Leggendo in giro anche il supporto seagate oltre a quello wd consiglia di usare ntfs se si hanno problemi di boot con l'hd attaccato:
La sicurezza non la hai mai al 100% in queste cose, però fat32->ntfs è un'operazione molto veloce, se usi tool come quelli di easeus ci mette proprio un attimo, non è che deve lavorarci per ore e nel caso che si blocchi perdi tutto, insomma.