Scusa, divento un po' orbo il venerdì e non ho letto XD
Comunque a quanto vedo quei due secondo me vanno collegati sui F_USB1 e F_USB2, rispettivamente nel primo e nel secondo slot da destra verso sinistra dopo il F_PANEL (quello dove hai collegato i fili del case tipo alimentazione, HDD led ecc).
Come ordine penso che sia indifferente, comunque prova.
Però vedo che nell'F_USB1 hai già collegato qualcosa, forse le porte USB frontali del case?
Non so se funzionerà tutto se colleghi solo il blu (quello da 8pin), ma potresti provare a vedere cosa non sarebbe attivo.
Eventualmente potresti "sacrificare" le porte USB anteriori per il lettore di schede.