In teoria quella del pannello nvidia ha meno lag ma se la attivi manualmente poi attento che l'impostazione "lascia decidere le applicazioni 3D" globale si disattiva, se la rimetti poi i cambiamenti manuali dovrebbero restare.
Se invece lasci il pannello nvidia in automatico, quando attivi quella del gioco dovrebbe attivare anche quella del pannello.
Detto questo, ti consiglio di lasciar perdere, scarica RTSS e usa la scanline sync che è molto meglio.