Sulla sicurezza non capisco il problema, Outlook e Thunderbird sono sono client di posta elettronica che si collegano a server POP3 / IMAP / SMTP, la sicurezza poi sta nei server, si ti colleghi a mail server con protocollo POP3 o IMAP in chiaro, quindi porta 110 o 25 senza SSL / TLS, la sicurezza non c'è, ma questo può avvenire sia su Outlook che su Thundebird.
Relativamente alle formattazioni di cui parli non saprei, mai successo nè mai avuto segnalazioni, magari è un problema di come è stata impostata la firma o l'editor mail di Thunderbird
Tra i pro di Thundebird io direi il sistema di archiviazione file, molto più funzionale dei file PST di Outlook che spesso diventano enormi e a volte si danneggiano anche, nonché un sistema di ricerca mail ben più evoluto di quello di Outlook