Le differenze tra aircrack e il network manager presumo siano da ricercare nel monitor mode. Dato che in monitor mode la scheda deve intercettare solamente i frame degli AP, probabilmente rileva anche quelli che il network manager scarta perchè non buone per connettersi (non ho mail letto il codice sorgente del NM quindi vado per ipotesi).
Comunque il numero di reti che una scheda può rilevare dipende da innumerevoli fattori, quindi a parità di condizioni (hardware, distanza, ecc..) l'unica (o meglio l'unica che mi viene in mente) variabile è il software, quindi il driver (o l'OS).
Ne si potrebbe dedurre che o il driver per Gnu/Linux è scritto meglio, oppure Gnu/Linux funziona meglio di windows.
Comunque personalmente le alfa le ho sempre trovate troppo poco stabili per uso "standard", ma ottime per uso "avanzato" (monitor mode, ecc..), quindi probabilmente è anche per quello che rilevano meno reti "a default".
Che puoi fare?? Nulla..
O ti vai a leggere i driver e riscrivi/modifichi quello di win per avere maggiori performance, oppure te lo tieni così com'è...