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Ci sono vari modi per fare una cosa del genere.
Io personalmente lo farei insieme al controllo dell'input per evitare che l'utente possa inserire un carattere diverso da quelli che servono.
Lascio qui un piccolo esempio di come si potrebbe fare in questo modo (perdonatemi se c'è qualche errore ma non metto le mani sul C da un po' di tempo):
C:
char cmd;
do{
printf("Vuoi continuare? 's' per si, 'n' per no: ");
scanf("%c", &cmd);
if(cmd != 's' && cmd != 'n'){
printf("Comando non valido!\n");
}
} while (cmd != 's' && cmd != 'n');
In questo caso ho utilizzato un carattere per il si e uno per il no ('s' e 'n').