Nel post che hai linkato parla di un problema specifico, non capisco cosa c'entri con quanto stai facendo tu... Hai lo stesso errore e quindi hai pensato bene di scambiare i dischi tra una ps3 e l'altra?
In ogni caso nel post da te linkato non dice da nessuna parte che dopo la formattazione la console non chieda di collegare un controller ufficiale, quindi come ti ha detto
@fuffolazzo verosimilmente tornerai alla schermata in cui ti chiede del controller originale.
Per reperirlo basta farsi un giro sui vari siti di vendita online (es. ebay), certo vista l'età della ps3 saranno tutti controller usati, ma basta che funzionino.