Ci sono diverse opzioni/metodologie: innanzitutto confronta con diversi software la temperatura e provala al tatto (ovviamente stai attento che se sono veramente 100 gradi scotta parecchio). Dopo aver appurato l'eventuale temperatura, controlla che non ci siano residui di pasta termica solidificata sul package della CPU; tutta via hai detto di cambiare spesso la pasta quindi dubito sia questa opzione. Il problema potrebbe però essere della pasta termica in sé e non della frequenza e metodologia di utilizzo d'essa. E' vecchia? Hai altri tipi di pasta da provare? Certo la pasta in genere non è soggetta a grandi degradazioni nel tempo, ma è bene esaminare tutte le opzioni. Altro problema potrebbe essere la presenza di polvere (soprattutto nei pin, nel socket e nelle resistenze della MB) o l'overclock troppo spinto. Controlla che il flusso d'aria non sia ostruito e che le ventole del case siano ben pulite. Infine potrebbe essere anche un problema di alimentazione; l'alimentatore è vecchio? Se hai overclockato qualcosa, sicuro che il consumo non sia stato eccessivo?
Queste sono le cose un po' basilari, ti consiglio comunque di smontare, pulire e rimontare tutte le componenti (anche se non ce n'è grandemente bisogno una ripulita fa sempre bene) e di non caricare troppo il processore (che essendo dual core non è estremamente potente nonostante i suoi 4 GHz).
Per quanto riguarda il calo di fps potrebbe essere sempre dovuto al surriscaldamento della CPU, la quale poi influenza anche le prestazioni di tutte le altre componenti (anche solo con la trasmissione del calore).