Con le moderne architetture le schede madri hanno perso, in un certo senso, importanza, almeno per quanto riguarda le prestazioni pure. Le differenze prestazionali sono infatti minime tra modello e modello, a parità di chipset, di processore e di ram. La scelta di una scheda madre deve essere fatta, secondo me, con criteri diversi: la qualità costruttiva, la presenza di accessori.
Considera che se si parla di dischi rigidi o SSD, per citare il tuo esempio, si parla di una periferica; mentre una scheda madre è il cuore del pc, il componente fondamentale che coordina le varie periferiche. Essendoci però tanti tipi di pc non esiste un solo tipo di scheda madre, ma tanti tipi, che principalmente si differiscono l'uno dall'altro per la qualità dei componenti e la presenza o meno di accessori.
Quindi mentre noi possiamo confrontare direttamente due SSD o due HDD, confrontare due schede madri diventa più difficile, soprattutto per le considerazioni che ho fatto all'inizio.
Una scheda madre deve soprattutto rispondere alle esigenze dell'utente (se un utente usa il pc per navigare su internet, gli sarà sufficiente una scheda madre economica, se un utente usa il pc per fare CAD 3D allora dovrà prendere una scheda di fascia più alta), quindi deve essere il più possibile stabile e costruita con componenti di qualità. Inoltre i costruttori tendono a offrire modelli accessoriati: controller aggiuntivi per altri dischi fissi, per periferiche firewire, ecc.; se a un utente sono necessari, la loro presenza può essere un fattore importante per la scelta del modello da acquistare.