Nelle chiavette/hd usb c'è un bit che serve a far capire a windows se si tratta di un pennino o di un hd. Le principali differenza nel vedere una pennetta come hd sono :
1 - la gestione della cache (i pennini di default non dovrebbero avere la cache in scrittura attiva per permettere di scollegarli senza l'uso dell'operazione apposita per scollegare le unità usb riducendo al minimo il rischio di perdere dati se si questa operazione)
2 - gli HD usb sotto windows (linux non ha sto problema) possono avere tutte le partizioni che vuoi, nelle pennette usb windows legge solo la prima partizione.
Esistono programmi che permettono di creare pennini usb multipartizione con dentro ogni partizione un'installazione differente di sistema operativo (es windows 7 + 8 + 10 nello stesso pennino), per rendere la cosa più semplice da gestire (es per accedere alla partizione nr 3 dovresti rendere nascoste la prima e seconda partizione del pennino) bisogna modificare il bit sul pennino e farla riconoscere come hd (non ricordo se tale operazione è fattibile con tutti i pennini usb o solo con quelli che montano alcuni chip)...
Se ti legge tutto sballato le possibilità sono 2:
a - hai installato un driver che le legge al contrario
b - tutte le pennette hanno il bit in questione impostato come hd
Che ti ricordi questo problema è nato dopo l'installazione di qualcosa o dopo che hai effettuato qualche formattazione particolare alle pennette??? Hai provato con pennini di qualche tuo amico???