Prova con Acronis trueimage...
Lo installi, avvii e richiedi di fare un'immagine del disco su cui gira windows... lui ti richiede il riavvio e prima che parla il SO parte Acronis che ti fa l'immagine del disco... A questo punto installa un hd esterno via usb e copia l'immagine del SO sull'HD esterno.
Fatta la copia puoi formattere tutto e rifare la partizione logica sui 3 dischi. Fatto ciò fai partire il recovery di acronis, selezioni l'immagine sull'usb e lo ripristini sulla nuova partizione.
Oppure fai una back delle informazioni indispensabili... pialli tutto, imposti il 3° disco e reinstalli da zero.